A sede do INCAER está instalada no prédio onde funcionou a Estação de Passageiros de Hidroaviões do Aeroporto Santos-Dumont, no seguinte endereço: Praça Marechal Âncora, 15-A, Centro, Rio de Janeiro (ao lado do Clube de Aeronáutica).

O edifício foi construído pelo Governo às margens da Baía de Guanabara e inaugurado pelo Presidente Getúlio Vargas, em 29 de outubro de 1938.

Pela sua importância histórica e paisagística, o prédio foi tombado pela Secretaria do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (SPHAN) – atual Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN), em 29 de janeiro de 1957. Em 1986, passou a ser ocupado pelo Instituto Histórico-Cultural da Aeronáutica, tornando-se a sua sede definitiva.